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有关FASTQ和SRA

下载网站:https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home https://www.ncbi.nlm.nih.gov/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 记得挂梯子 FASTQ与SRA之间的转换:学会使用sratoolkit,但是还没学会

有关于FASTQ文件中的碱基序列压缩问题的笔记

目前 FASTQ 文件的无损压缩算法主要分为四类。第一类即使用普适的压缩软件 对文件进行压缩存储,例如 Gzip 以及 Bzip2,该类方法将 FASTQ 文件看做普通的字 符输入,不对其做任何处理,因此无法充分利用文件潜在的数据特征,使得压缩效果 不够理想。 第二类算法的主要思想是重新对文件中序列进行排序,使得相似的序列尽可能聚 集从而提高压缩率,例如 SCALCE,Orcom,Mince...